Pelaksanaan sistem penjaminan mutu di FMIPA UHO pada awalnya dikelola oleh Unit Jaminan Mutu dan Sistem Informasi (UJM-SI) yang berkoordinasi dengan Lembaga Pengembangan dan Penjaminan Mutu Pendidikan (LPPMP) UHO. Saat ini, penjaminan mutu di tingkat fakultas dilaksanakan oleh Unit Jaminan Mutu (UJM) yang tetap berkoordinasi dengan LPPMP. Di tingkat jurusan dan program studi, pelaksanaan penjaminan mutu dilakukan oleh Kelompok Kerja Jaminan Mutu (K2JM) dan Tim Monitoring Jaminan Mutu (TMJM) yang berada di bawah koordinasi UJM-SI. Sementara itu, kegiatan audit mutu internal dilaksanakan oleh Pokja Auditor Internal Mutu. Seluruh pelaksanaan sistem penjaminan mutu internal di UHO berlandaskan pada Peraturan Rektor Universitas Halu Oleo Nomor: 7411/UN29/PR/2014 tentang Perubahan atas Peraturan Rektor Nomor 02 Tahun 2019 mengenai Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) Universitas Halu Oleo.

