Sebagaimana Rencana Pembangunan Pendidikan Jangka Panjang Nasional (RPPJPN) (2005-2025) yang disusun oleh Kementerian Pendidikan Nasional bahwa rencana pembangunan disusun ke dalam empat tahapan tema pembangunan, yaitu tahap 2005-2010 yang berfokus pada peningkatan kapasitas dan modernisasi, tahap 2010-2015 yang berfokus pada penguatan pelayanan, tahap 2015-2020 yang berfokus pada penguatan daya saing regional, dan tahap 2020-2025 yang berfokus penguatan daya saing internasional.  Oleh karena itu, UHO menetapkan visi jangka panjang hingga tahun 2045 sebagaimana yang tercantum dalam Rencana Induk Pengembangan (RIP) UHO 2012- 2045, yakni: “Menjadi Perguruan Tinggi Kelas Dunia dalam Pengelolaan dan Pengembangan Wilayah Pesisir, Kelautan, dan Perdesaan pada Tahun 2045”