Sebagaimana Rencana Pembangunan Pendidikan Jangka Panjang Nasional (RPPJPN) (2005-2025) yang disusun oleh Kementerian Pendidikan Nasional bahwa rencana pembangunan disusun ke dalam empat tahapan tema pembangunan, yaitu tahap 2005-2010 yang berfokus pada peningkatan kapasitas dan modernisasi, tahap 2010-2015 yang berfokus pada penguatan pelayanan, tahap 2015-2020 yang berfokus pada penguatan daya saing regional, dan tahap 2020-2025 yang berfokus penguatan daya saing internasional. Oleh karena itu, UHO menetapkan visi jangka panjang hingga tahun 2045 sebagaimana yang tercantum dalam Rencana Induk Pengembangan (RIP) UHO 2012- 2045, adalah:
Dengan mengacu pada visi UHO, maka dicanangkan visi FMIPA UHO Tahun 2020-2024 sebagai berikut:
Menjadi salah satu fakultas unggul dalam penyelenggaraan tridharma bidang matematika dan sains dengan mengadaptasi kemajuan teknologi informasi sehingga dihasilkan sumber daya manusia cerdas komprehensif untuk mendukung pengembangan wilayah pesisir, kelautan, dan perdesaan.