Fakultas dipimpin oleh dekan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Rektor. Dekan dibantu wakil dekan yang berada di bawah dan bertanggung jawabkepada dekan. Wakil dekan terdiri atas:
Senat fakultas mempunyai fungsi penetapan dan pertimbangan pelaksanaan akademik di lingkungan fakultas.
Selanjutnya, Struktur organisasi fakultas matematika dan ilmu pengetahuan alam Universitas Halu Oleo dapat dilihat pada bagan berikut:
