Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan (FMIPA) Universitas Halu Oleo (UHO) secara resmi berdiri pada tanggal 21 September 1998 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 233/O/1998. FMIPA UHO mulai menerima mahasiswa pada tahun 1999 dan selanjutnya melakukan usulan program studi. Usulan program studi disetujui yang ditandai dengan keluarnya SK Dirjen Dikti pada tanggal 25 Agustus 2000 tentang berdirinya empat program studi yaitu Program Studi Matematika, Program Studi Fisika, Program Studi Kimia, dan Program Studi Biologi, dimana masing-masing program studi bernaung di bawah jurusan yaitu Jurusan Matematika, Jurusan Fisika, Jurusan Kimia, dan Jurusan Biologi. Hingga saat ini, FMIPA UHO telah mengalami berbagai perkembangan termasuk di dalamnya pembukaan sejumlah program studi baru, bahkan beberapa program studi dalam perkembangannya berdiri menjadi fakultas yang berbeda, antara lain:

• Program Studi Kesehatan Masyarakat secara resmi berdiri pada tanggal 9 Agustus 2004 berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor 3065/D/T/2004, yang bernaung pada Jurusan Biologi. Program studi ini kemudian memisahkan diri dan dibentuk menjadi Fakultas Kesehatan Masyarakat (FKM) pada tahun 2011.
• Program Studi D3 Statistika secara resmi berdiri pada tanggal 24 Februari 2006 berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor 798/D/T/2006, yang bernaung pada Jurusan Matematika. Program studi ini kemudian memisahkan diri dan tergabung pada Program Pendidikan Vokasi (PPV) pada tahun 2014.
• Program Studi Pendidikan Dokter secara resmi berdiri pada tanggal 31 Desember 2008 berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor 4687/D/T/2008, yang bernaung pada Jurusan Biologi. Pogram studi ini kemudian memisahkan diri dan dibentuk menjadi Fakultas Kedokteran (FK) pada tahun 2011.
• Program Studi Farmasi secara resmi berdiri pada tanggal 16 Agustus 2010 berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor 128/D/O/2010, yang bernaung pada Jurusan Kimia. Program studi ini kemudian memisahkan diri dan dibentuk menjadi Fakultas Farmasi (FF) pada tahun 2014.

Program Studi Geografi, Program Studi Teknik Geologi, Program Studi Teknik Geofisika, dan Program Studi Teknik Pertambangan dibentuk pada tanggal 18 Juli 2013 berdasarkan Penugasan Penyelenggaran Program Studi dari Dirjen Dikti melalui Surat Mandat Nomor 677/E.E2/DT/2013, yang bernaung pada Jurusan Fisika. Surat penugasan ini ditindaklanjuti dengan izin operasional program studi berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 865a/UN29/PP/2013 tanggal 23 Juli 2013. Pada tahun yang sama, Program Studi Teknik Geofisika kemudian memperoleh izin penyelenggaraan berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 554/E/O/2013 tanggal 8 November 2014. Setahun kemudian, yakni pada tahun 2014, Program Studi Geografi, Program Studi Teknik Geologi, dan Program Studi Teknik Pertambangan juga memperoleh izin penyelenggaraan berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 63/E/O/2014 tanggal 7 Mei 2014. Keempat program studi ini kemudian memisahkan diri dan dibentuk menjadi Fakultas Ilmu dan Teknologi Kebumian (FITK) pada tahun 2015.
Dalam perkembangannya yang terkini, FMIPA UHO menyelenggarakan 7 (tujuh) program studi S-1 dan 2 (dua) program S-2, yaitu Program Studi S-1 Matematika, Program Studi S-1 Fisika, Program Studi S-1 Kimia, Program Studi S-1 Biologi, Program Studi S-1 Bioteknologi, Program Studi S-1 Statistika, Program Studi S-1 Ilmu Komputer, Program Studi S-2 Fisika, Program Studi S-2 Kimia. Khusus untuk program studi S-2, pengelolaannya di bawah koordinasi Pascasarjana UHO.
Kemajuan FMIPA-UHO tentu saja tidak terlepas dari peran Dekan terdahulu yaitu Drs. Alam Syah, MS (alm.), Prof. Dr. H. Pasrun Adam, MS., Prof. Dr. Muhammad Zamrun F., S.Si., M.Si., M.Sc., dan Prof. Dr. Analuddin, S.Si., M.Sc., serta dukungan seluruh sivitas akademika FMIPA UHO. Upaya-upaya yang telah dilakukan oleh pimpinan FMIPA UHO terdahulu antara lain adalah peningkatan kualifikasi tenaga pengajar dengan kuafikasi doktor mencapai 53%, peningkatan kualitas program studi dimana semua prodi telah terakreditasi, dengan peringkat A dan B (87,5%) dan peringkat C (12,5%) , pemenuhan sarana pembelajaran, penataan administrasi kelembagaan, serta pembentukan kerja sama dengan berbagai institusi terkait baik pemerintah maupun swasta, baik dalam negeri maupun luar negeri.
Dari upaya-upaya tersebut, FMIPA UHO saat ini telah mampu mensejajarkan diri dengan FMIPA dari Perguruan Tinggi lainnya di Indonesia, bahkan telah dikenal hingga ke mancanegara. Meskipun demikian, FMIPA UHO harus terus berbenah diri dalam upaya menghasilkan lulusan yang berkarakter, cerdas, terampil dan kreatif, serta adaptif terhadap perkembangan zaman sehingga mampu bersaing secara global. FMIPA UHO harus terus berupaya memajukan ilmu pengetahuan dan teknologi melalui adaptasi kemajuan IPTEKS untuk kemakmuran bangsa. FMIPA sebagai bagian dari UHO dengan keunggulan riset sains dan terapannya secara maksimal harus mendukung terwujudnya visi UHO menjadi Universitas unggul dalam pengembangan wilayah pedesaan dan pesisir. Sebagai lembaga pendidikan, FMIPA UHO selain mengoptimalkan pelaksanaan kegiatan tridharma untuk peningkatan kualitas lulusan, FMIPA UHO dalam empat tahun ke depan (2020-2024) harus mampu memberikan peran nyata dalam era teknologi informasi serta harus mempersiapkan diri menyongsong era biosciences dan bioengineering serta nanosciences and nanoengineering pada abad XXI.